給高層供水二次加壓設備清洗消毒前，需提前1-2日通過公示公告告知居民停水。給高層供水二次加壓設備提供清洗消毒服務的單位，需要經過單位注冊地的區縣衛生計生行政部門備案。進行清洗消毒的人員要經過衛生知識專業培訓，并且取得健康合格證方可上崗。

進行清潔消毒工作時需身穿專用的潔凈工作服、鞋、橡膠手套、防護眼鏡和口罩等專業工具，并配備好照明工具和清潔刷等清洗專用工具進入二次供水儲水設備。所有的工具在使用前必須進行消毒清潔，不得對高層供水二次加壓設備造成污染。清洗消毒時要從池頂再到池底，由里再向外清刷除垢，清刷潔凈后才可進行消毒。

消毒時要用消毒液對二次供水儲水設備的內壁從上到下、由里向外，均勻噴涂在內壁表面，大約30分鐘后才能打開進水閥排空消毒液，然后再對儲水設備進行反復清洗，不能留下死角。清洗消毒完畢后，應檢查帶走所有清洗消毒設備、工具和物品，嚴禁遺留任何物品在二次供水儲水設備內。

對高層供水二次加壓設備的清洗消毒工作都做完后，還要現場檢測水質的渾濁度和消毒劑余量。如清洗消毒后水質檢測不合格，必須重新清洗消毒直至檢測合格。